228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0911 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 397 aa  823    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 273 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.11 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 		 284 aa  117  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.79 
 
 		 278 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.67 
 
 		 285 aa  100  5e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 275 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  41.6 
 
 		 282 aa  94.4  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 275 aa  93.2  7e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.06 
 
 		 273 aa  90.9  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 279 aa  90.1  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.24 
 
 		 276 aa  89  1e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  39.82 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40 
 
 		 281 aa  89  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  43.33 
 
 		 274 aa  88.2  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  39.67 
 
 		 270 aa  86.7  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 271 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  39.67 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25.29 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 267 aa  82.4  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 287 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  25.43 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  25.21 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.36 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 276 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 276 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.34 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 298 aa  76.3  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  26.24 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  41.23 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.73 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  35.56 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  22.9 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 262 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.41 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  23.99 
 
 		 286 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 265 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.89 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.41 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.95 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.41 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  30 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.55 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.24 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  40.45 
 
 		 517 aa  62  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  36.11 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 285 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  27.71 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 262 aa  62  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  32.24 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  27.71 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.04 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  28.22 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  26.19 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.72 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  26.99 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 280 aa  59.3  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  29.61 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 261 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  28.32 
 
 		 262 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 280 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  28.32 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  27.81 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.11 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  27.12 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  25.77 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>