More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_15300 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 287 aa  558  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  61.07 
 
 		 285 aa  301  8.000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  57.25 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  51.96 
 
 		 279 aa  236  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 276 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 272 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 276 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  53.16 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  54.51 
 
 		 271 aa  216  5e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  52.29 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  52.26 
 
 		 275 aa  211  7.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.9 
 
 		 275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  51.53 
 
 		 275 aa  181  8.000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  44.88 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  47.57 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  50 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.42 
 
 		 273 aa  168  9e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.11 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  48.38 
 
 		 267 aa  162  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.44 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.83 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  43.38 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  44.16 
 
 		 270 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  41.58 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.07 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.6 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.4 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.21 
 
 		 281 aa  137  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  41.03 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 		 307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.7 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  43.59 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.67 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  40.28 
 
 		 280 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 275 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 298 aa  115  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.66 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.65 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  34.84 
 
 		 526 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.15 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  39.41 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.37 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.24 
 
 		 397 aa  99  8e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.9 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  40.53 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 282 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.22 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.77 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.13 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  35.76 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.86 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.86 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.86 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>