More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mjls_2390 on replicon NC_009077
Organism: Mycobacterium sp. JLS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  536  1e-151  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  98.19 
 
 		 276 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  98.19 
 
 		 276 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  76.54 
 
 		 269 aa  372  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  70.19 
 
 		 275 aa  348  8e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  73.58 
 
 		 271 aa  339  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  59.23 
 
 		 298 aa  278  7e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  52.24 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 279 aa  232  6e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  53.33 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 287 aa  213  3.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.86 
 
 		 273 aa  192  7e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  45.58 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  49.43 
 
 		 275 aa  182  7e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  47.04 
 
 		 275 aa  178  9e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  47.79 
 
 		 312 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  48.69 
 
 		 267 aa  172  7.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  45.56 
 
 		 327 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.32 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.21 
 
 		 295 aa  160  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.42 
 
 		 281 aa  160  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  42.47 
 
 		 273 aa  158  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.27 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  43.38 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  44.6 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  42.86 
 
 		 270 aa  142  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.49 
 
 		 278 aa  139  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.24 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 284 aa  135  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.85 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  42.97 
 
 		 286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  43.57 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 273 aa  117  3e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 285 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 334 aa  108  8.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  23.3 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.12 
 
 		 275 aa  99.8  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  26.34 
 
 		 269 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.57 
 
 		 286 aa  99  8e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 288 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  30.63 
 
 		 1611 aa  97.1  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 279 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 283 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  34.29 
 
 		 265 aa  94  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 279 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 289 aa  92.8  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 262 aa  92  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 284 aa  92  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 271 aa  92  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 261 aa  92  9e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 274 aa  91.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  34.98 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.6 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  31.14 
 
 		 473 aa  90.5  3e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  26.47 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 282 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 288 aa  89  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 286 aa  89  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>