More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcur_2138 on replicon NC_013510
Organism: Thermomonospora curvata DSM 43183



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 273 aa  531  1e-150  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  68.15 
 
 		 274 aa  311  7.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  66.67 
 
 		 275 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.52 
 
 		 278 aa  245  6.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  56.16 
 
 		 282 aa  236  3e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  51.11 
 
 		 273 aa  217  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  50.95 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  54.68 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.55 
 
 		 295 aa  201  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  48.86 
 
 		 272 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  49.04 
 
 		 327 aa  198  7.999999999999999e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  47.17 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  48.48 
 
 		 276 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  48.48 
 
 		 276 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  47.58 
 
 		 275 aa  190  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.1 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  47.67 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.55 
 
 		 286 aa  186  4e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 269 aa  178  9e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  46.32 
 
 		 284 aa  178  9e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.7 
 
 		 276 aa  177  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  50.55 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  49 
 
 		 275 aa  175  9e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.19 
 
 		 285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  45.63 
 
 		 275 aa  172  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.84 
 
 		 281 aa  172  7.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  48.29 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  46.82 
 
 		 271 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  44.61 
 
 		 267 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  47.91 
 
 		 275 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  42.32 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  46.55 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.21 
 
 		 311 aa  141  9e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 270 aa  116  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.37 
 
 		 286 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 298 aa  110  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 276 aa  108  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  38 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  32.71 
 
 		 269 aa  105  8e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.41 
 
 		 1611 aa  104  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.8 
 
 		 397 aa  103  3e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 285 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.02 
 
 		 277 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.85 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  25.88 
 
 		 288 aa  97.8  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.18 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  25.95 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 279 aa  96.7  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.08 
 
 		 290 aa  96.7  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 277 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.07 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  28.28 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 271 aa  95.5  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 277 aa  95.5  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 269 aa  95.9  7e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.78 
 
 		 269 aa  95.5  8e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  37.13 
 
 		 360 aa  94.7  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>