More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_3760 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  540  1e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  70.57 
 
 		 276 aa  353  1e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  70.57 
 
 		 276 aa  353  1e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  70.19 
 
 		 272 aa  351  7e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  74.9 
 
 		 271 aa  338  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  69.2 
 
 		 269 aa  323  1e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  62.4 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  57.25 
 
 		 287 aa  236  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  52.08 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  54.69 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  49.43 
 
 		 279 aa  218  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  54.14 
 
 		 267 aa  202  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.73 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  52.61 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  53.26 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  46.39 
 
 		 274 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  46.27 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  45.72 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.48 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  48.53 
 
 		 312 aa  166  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.02 
 
 		 281 aa  163  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  45.11 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.06 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  43.87 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.54 
 
 		 276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.69 
 
 		 298 aa  150  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.51 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  44.1 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 289 aa  135  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  42.97 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.59 
 
 		 285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.88 
 
 		 286 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  40.22 
 
 		 346 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 		 286 aa  106  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  37.59 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 298 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.93 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  36.28 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.62 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 284 aa  99.8  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  33.45 
 
 		 526 aa  100  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 289 aa  99.4  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.98 
 
 		 397 aa  99.4  6e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.86 
 
 		 280 aa  97.1  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 280 aa  96.3  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.34 
 
 		 1611 aa  95.9  7e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 262 aa  95.5  8e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 291 aa  95.5  9e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 283 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.04 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.97 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  92.8  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 291 aa  92.4  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>