More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2323 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 298 aa  578  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 276 aa  295  5e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 276 aa  295  5e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  59.56 
 
 		 272 aa  292  4e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  62.45 
 
 		 275 aa  291  6e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  58.67 
 
 		 269 aa  276  3e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 271 aa  265  5e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  52.01 
 
 		 285 aa  232  5e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  54.41 
 
 		 275 aa  231  9e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  47.25 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  51.66 
 
 		 267 aa  194  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  51.27 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  46.91 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  50 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.95 
 
 		 273 aa  175  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  45.72 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  44.98 
 
 		 327 aa  165  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  43.56 
 
 		 273 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.07 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.08 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 286 aa  142  9e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  44.44 
 
 		 270 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  42.59 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.49 
 
 		 278 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.29 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.4 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.69 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.67 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.93 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.29 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.18 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  40.29 
 
 		 346 aa  99.4  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.34 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 286 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 		 285 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 311 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 262 aa  96.3  6e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 262 aa  95.9  8e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  38.69 
 
 		 282 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 278 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.96 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  29.41 
 
 		 1611 aa  93.2  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.32 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 279 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 279 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 262 aa  92.4  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0500  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.645133  normal  0.846515 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.57 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  89.7  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  28.87 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 270 aa  86.7  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  27.05 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 283 aa  85.9  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 289 aa  85.5  9e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  25.17 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  25.82 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  25.82 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 277 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.37 
 
 		 269 aa  84.7  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>