More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1978 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  535  1e-151  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  53.73 
 
 		 276 aa  241  7e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  53.73 
 
 		 276 aa  241  7e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  53.36 
 
 		 272 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  54.41 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  53.14 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  53.73 
 
 		 275 aa  224  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 271 aa  218  7e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 		 285 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  52.14 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  52.12 
 
 		 275 aa  172  7.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 275 aa  167  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.49 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  50 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  43.77 
 
 		 267 aa  152  5e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  43.33 
 
 		 270 aa  148  9e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  44.85 
 
 		 312 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.94 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 327 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.68 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.34 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  42.22 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.47 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.27 
 
 		 281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  41.87 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.16 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.08 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  39.29 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 286 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.18 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.3 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.96 
 
 		 279 aa  116  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.15 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  38.78 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  41.97 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 279 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 275 aa  107  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  40.64 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 322 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 276 aa  102  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  24.82 
 
 		 298 aa  102  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 280 aa  102  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.06 
 
 		 280 aa  102  9e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  25.98 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 278 aa  102  1e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.15 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  30.28 
 
 		 1611 aa  99.8  5e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.15 
 
 		 286 aa  99.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 279 aa  99.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>