More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1697 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 298 aa  571  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  68.31 
 
 		 346 aa  315  4e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.1 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.58 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.49 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  48.06 
 
 		 273 aa  176  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  45.55 
 
 		 272 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  45.73 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  49.08 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  44.91 
 
 		 276 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  44.91 
 
 		 276 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  47.35 
 
 		 279 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  47.48 
 
 		 274 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  50.2 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  48.26 
 
 		 275 aa  159  8e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 		 269 aa  156  4e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  43.68 
 
 		 275 aa  155  8e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  44.49 
 
 		 286 aa  152  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  45.15 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  41.84 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  46.24 
 
 		 267 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  41.97 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.65 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.34 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 271 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  43.45 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  42.07 
 
 		 287 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.7 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.9 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.04 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  42.07 
 
 		 270 aa  125  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.33 
 
 		 276 aa  125  8.000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 277 aa  125  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.15 
 
 		 281 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.29 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.29 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 322 aa  116  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 274 aa  112  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 278 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.16 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.8 
 
 		 269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.06 
 
 		 279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  32.52 
 
 		 1611 aa  108  8.000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.62 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 277 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  39.31 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.4 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  26.69 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  26.52 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.88 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>