More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1348 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 276 aa  551  1e-156  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  60.58 
 
 		 284 aa  276  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.22 
 
 		 281 aa  260  1e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.36 
 
 		 285 aa  227  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.08 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.55 
 
 		 286 aa  199  6e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 		 273 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  47.14 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.7 
 
 		 273 aa  188  7e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.7 
 
 		 275 aa  185  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  45.04 
 
 		 286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  47.96 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  46.38 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 275 aa  167  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  47.06 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 276 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 276 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 285 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  44.69 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  41.03 
 
 		 327 aa  148  9e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 269 aa  146  5e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  41.41 
 
 		 275 aa  142  4e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  42.55 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.29 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  42.6 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 298 aa  139  3e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.33 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  41 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.95 
 
 		 280 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.41 
 
 		 285 aa  108  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 298 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.37 
 
 		 397 aa  107  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  25.89 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.27 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  26.92 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.6 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  32.51 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  33.1 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 		 268 aa  102  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 		 268 aa  102  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.26 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  25.61 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.26 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30813  predicted protein  28.16 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.401981 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  28.82 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.43 
 
 		 1611 aa  99  7e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 286 aa  99  8e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 288 aa  97.4  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.56 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 		 296 aa  95.5  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  26.5 
 
 		 288 aa  95.9  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 283 aa  95.5  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.19 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  37.19 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.42 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_89141  predicted protein  29.86 
 
 		 1571 aa  94.4  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 271 aa  93.6  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  31.36 
 
 		 286 aa  92.8  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  29.64 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.43 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  25.37 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  25.17 
 
 		 284 aa  90.1  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>