More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_30813 on replicon NC_009043
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009043  PICST_30813  predicted protein  100 
 
 
309 aa  637    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.401981 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01137  Quinate dehydrogenase (EC 1.1.1.24) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P25415]  41.46 
 
 
329 aa  219  3.9999999999999997e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.646628  normal  0.26326 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.82 
 
 
1611 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_89141  predicted protein  31.72 
 
 
1571 aa  122  9.999999999999999e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 
297 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08886  repressor protein (AFU_orthologue; AFUA_8G02700)  27.3 
 
 
804 aa  105  7e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.965911  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.88 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01132  Negative-acting regulatory proteinPutative uncharacterized proteinRepressor protein ;; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q00784]  25.55 
 
 
901 aa  94  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0914062 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.42 
 
 
286 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  26.55 
 
 
279 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  26.5 
 
 
271 aa  87.8  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 
285 aa  85.9  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.53 
 
 
286 aa  85.9  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 
286 aa  85.1  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  26.53 
 
 
315 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  29.25 
 
 
286 aa  85.1  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  26.87 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 
280 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  27.5 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 
286 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  25.82 
 
 
279 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  27.08 
 
 
276 aa  83.2  0.000000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  24.21 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 
277 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  27.09 
 
 
290 aa  82  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 
289 aa  82  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  23.79 
 
 
278 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.99 
 
 
285 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
289 aa  81.6  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  24.66 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  24.66 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 
277 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
284 aa  80.5  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  26.03 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  27.03 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  25.69 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  26.32 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 
284 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  25.44 
 
 
276 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  25.44 
 
 
276 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  24.25 
 
 
288 aa  79.3  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  26.39 
 
 
291 aa  79  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 
277 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  26.1 
 
 
296 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
283 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 
277 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  24.75 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  23.57 
 
 
289 aa  77.8  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 
308 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 
280 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 
282 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  24.24 
 
 
286 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  26.55 
 
 
278 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 
279 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  28.12 
 
 
835 aa  77.4  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  24.75 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.34 
 
 
279 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  25.94 
 
 
298 aa  76.3  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  27.6 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  25.57 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
270 aa  75.1  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  25.27 
 
 
280 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  23.26 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.04 
 
 
294 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  24.73 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  22.34 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  26.04 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  24.75 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  24.4 
 
 
288 aa  74.7  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 
286 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  25.26 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 
276 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.38 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  25.26 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.5 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  23 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  26.45 
 
 
277 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  24.57 
 
 
287 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 
271 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1281  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  26.3 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  27.33 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  25.55 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  26.13 
 
 
613 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  26.56 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  26 
 
 
275 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  22.56 
 
 
286 aa  72.4  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  22.81 
 
 
286 aa  72  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  24.32 
 
 
289 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  24.42 
 
 
283 aa  72.4  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>