More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2381 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 273 aa  529  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  51.75 
 
 		 286 aa  254  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  54.55 
 
 		 275 aa  240  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  54.44 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.11 
 
 		 273 aa  219  5e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  52.96 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.29 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.26 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  48 
 
 		 284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  45.86 
 
 		 279 aa  188  7e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  48.73 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  46.24 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.53 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  47.78 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.55 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  47.65 
 
 		 298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  45.72 
 
 		 287 aa  171  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  43.4 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.98 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  46.3 
 
 		 275 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  43.33 
 
 		 276 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  43.33 
 
 		 276 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  44.11 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  46.88 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 272 aa  165  9e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.68 
 
 		 276 aa  162  6e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  43.24 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 269 aa  149  3e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  47.12 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.19 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.96 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.39 
 
 		 397 aa  122  5e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.12 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 277 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 295 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.51 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.29 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 277 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.53 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 298 aa  107  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 276 aa  106  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  26.92 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.55 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.95 
 
 		 275 aa  102  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  26.57 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  27.2 
 
 		 256 aa  99  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 282 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.91 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.45 
 
 		 273 aa  96.7  3e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.23 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>