More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2017 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 295 aa  569  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  55.64 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.67 
 
 		 281 aa  236  3e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 286 aa  206  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  48.88 
 
 		 273 aa  202  8e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.08 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.55 
 
 		 273 aa  194  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.57 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.18 
 
 		 285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  47.87 
 
 		 275 aa  176  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  44.01 
 
 		 285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  43.42 
 
 		 279 aa  169  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.9 
 
 		 278 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  48.36 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  47.87 
 
 		 267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  44.33 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  44.25 
 
 		 275 aa  159  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  44.4 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  40.83 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  44.17 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  44.72 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  42.75 
 
 		 286 aa  149  8e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  46.24 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 		 269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  45.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  44.37 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  42.66 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  43.22 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.42 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 397 aa  122  5e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  42.61 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.72 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 280 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.46 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.32 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.18 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 298 aa  102  5e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.93 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 269 aa  102  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.83 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.01 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.99 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 269 aa  99.8  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.9 
 
 		 286 aa  99.8  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.03 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 292 aa  99  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 277 aa  99  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.01 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  26.07 
 
 		 269 aa  98.2  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.82 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.9 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.61 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 286 aa  96.3  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 286 aa  95.9  7e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  26.32 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  25.6 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.27 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  25.17 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  26.5 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>