More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_17730 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 284 aa  550  1e-155  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  65.48 
 
 		 281 aa  288  5.0000000000000004e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.13 
 
 		 285 aa  265  5.999999999999999e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.64 
 
 		 276 aa  262  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.44 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  48.51 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  48.69 
 
 		 273 aa  206  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.21 
 
 		 286 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  47.57 
 
 		 286 aa  195  6e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.23 
 
 		 273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  48.58 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  48.23 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  47.37 
 
 		 282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  40.35 
 
 		 323 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  42.76 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  44.8 
 
 		 267 aa  154  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.59 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  40.6 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 276 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 276 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  41.44 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  42.09 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  44.29 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  43.57 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 275 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 269 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.61 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.67 
 
 		 397 aa  119  7e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.09 
 
 		 279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  37.46 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.81 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  40.64 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 273 aa  107  3e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.11 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.62 
 
 		 285 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 269 aa  102  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.79 
 
 		 280 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.36 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 297 aa  96.7  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.1 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.29 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.12 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.35 
 
 		 277 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.06 
 
 		 1611 aa  94.7  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 270 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.86 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.74 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.18 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 278 aa  92.4  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  30.99 
 
 		 286 aa  92.4  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 291 aa  92.4  8e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.69 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  27.68 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  27.03 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 295 aa  90.1  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 322 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>