More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_6090 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 274 aa  529  1e-149  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  74.45 
 
 		 275 aa  349  2e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68.15 
 
 		 273 aa  320  9.999999999999999e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  55.56 
 
 		 286 aa  262  4e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  54.3 
 
 		 273 aa  248  7e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.14 
 
 		 278 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  57.09 
 
 		 282 aa  237  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  51.31 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  57.41 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  47.53 
 
 		 272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  47.15 
 
 		 276 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  47.15 
 
 		 276 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  47.27 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  46.54 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  46.39 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  46.01 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.48 
 
 		 286 aa  185  7e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  48.18 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.69 
 
 		 281 aa  179  4.999999999999999e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.92 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  45.63 
 
 		 275 aa  174  9e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 275 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  48.48 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  44.94 
 
 		 267 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.96 
 
 		 276 aa  168  7e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  47.57 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  46.97 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.68 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  46.39 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  45.08 
 
 		 286 aa  157  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  45.65 
 
 		 346 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.75 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.81 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.06 
 
 		 311 aa  118  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.02 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.58 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.54 
 
 		 285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 334 aa  107  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.21 
 
 		 397 aa  107  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 298 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 268 aa  102  7e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 268 aa  102  7e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.95 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  32.83 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.65 
 
 		 1611 aa  100  2e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.07 
 
 		 269 aa  100  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.86 
 
 		 315 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.75 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 286 aa  99  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 		 288 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.22 
 
 		 280 aa  99  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 		 297 aa  98.6  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  25.79 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  25.09 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  33.21 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  26.52 
 
 		 286 aa  97.1  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 293 aa  96.7  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 287 aa  97.1  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  31 
 
 		 835 aa  95.9  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 290 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>