More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3072 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 278 aa  532  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  63.14 
 
 		 274 aa  277  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.52 
 
 		 273 aa  267  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  62.18 
 
 		 275 aa  265  8.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  60.58 
 
 		 282 aa  257  2e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  51.72 
 
 		 286 aa  223  2e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  49.43 
 
 		 327 aa  205  6e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  48.68 
 
 		 275 aa  193  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.26 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  47.74 
 
 		 285 aa  188  8e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  45.28 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  45.28 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  48.11 
 
 		 279 aa  179  5.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  44.91 
 
 		 272 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  46.92 
 
 		 298 aa  175  6e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  49.01 
 
 		 275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.9 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  45.28 
 
 		 275 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  42.44 
 
 		 267 aa  167  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  46.42 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  48 
 
 		 284 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  43.28 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.04 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  48.89 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.3 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  38.54 
 
 		 323 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  47.99 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  44.65 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.31 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  41.26 
 
 		 286 aa  142  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.93 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  44.96 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.41 
 
 		 397 aa  121  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.93 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  42.7 
 
 		 346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.18 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.53 
 
 		 286 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.81 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 284 aa  105  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.39 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  31.72 
 
 		 269 aa  102  9e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 262 aa  99  8e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.31 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 288 aa  97.4  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 269 aa  95.5  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  24.72 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 285 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 262 aa  93.2  5e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  30.32 
 
 		 1611 aa  92.8  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  92.4  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 289 aa  92.4  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 286 aa  91.3  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  36.45 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.47 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  26.33 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 262 aa  89.4  6e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 285 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 278 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  27.66 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 457 aa  87.4  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 265 aa  85.5  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.06 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  24.71 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  24.71 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>