More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2410 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 270 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  46.13 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.55 
 
 		 273 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  45.04 
 
 		 286 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.35 
 
 		 275 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  48.48 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.33 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  44 
 
 		 285 aa  171  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 275 aa  168  7e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  43.66 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  47.55 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  43.66 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  47.25 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  44.96 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.9 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.2 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  44.49 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  44.19 
 
 		 267 aa  149  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 269 aa  146  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  42.28 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  43.77 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.76 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.91 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  44.87 
 
 		 275 aa  141  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.97 
 
 		 276 aa  135  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  44.81 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.01 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.79 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.98 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 273 aa  115  8.999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  40.73 
 
 		 346 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  24.82 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  39.92 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.82 
 
 		 286 aa  106  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 277 aa  105  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 269 aa  105  9e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  23.4 
 
 		 311 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.54 
 
 		 1611 aa  102  5e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.71 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.49 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.36 
 
 		 397 aa  100  2e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 270 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 288 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 291 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  32.48 
 
 		 526 aa  99  8e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  27.47 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  25.91 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 271 aa  96.7  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 286 aa  96.3  4e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 289 aa  94  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  25.35 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.33 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 261 aa  94  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.56 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 274 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  92.8  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 285 aa  92  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>