More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_16330 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  42.2 
 
 		 279 aa  161  9e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 		 272 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.55 
 
 		 273 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  40.53 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  43.59 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.16 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 275 aa  145  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  43.64 
 
 		 267 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 		 287 aa  137  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 		 269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 275 aa  135  9e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  40 
 
 		 327 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.91 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.86 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  40.38 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.93 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  40.69 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.43 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.16 
 
 		 281 aa  115  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  40.78 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  39.07 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  38.52 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 323 aa  105  7e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.38 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.73 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  25.98 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.51 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.52 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  24.31 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 276 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  32.09 
 
 		 280 aa  94  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 279 aa  92.4  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  23.71 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.26 
 
 		 397 aa  91.3  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 288 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  34.39 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 278 aa  89  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 271 aa  88.6  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.6 
 
 		 273 aa  88.6  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.62 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 270 aa  88.6  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.71 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  25.2 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.35 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 280 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.29 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  22.57 
 
 		 284 aa  85.9  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.98 
 
 		 278 aa  85.5  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 286 aa  85.5  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  30.95 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  28.01 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  28.01 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  26.77 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  24.04 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  22.18 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 262 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 284 aa  82  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  26.8 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  33.44 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  26.8 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  26.8 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  26.09 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>