More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1822 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  528  1e-149  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  88 
 
 		 275 aa  385  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  58.94 
 
 		 327 aa  250  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  52.94 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  52.22 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 276 aa  215  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 276 aa  215  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 272 aa  212  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  48.91 
 
 		 269 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  50.77 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.09 
 
 		 273 aa  192  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 287 aa  192  4e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 267 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  49.81 
 
 		 312 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.91 
 
 		 273 aa  185  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  46.97 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.52 
 
 		 298 aa  175  6e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.92 
 
 		 278 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.76 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  46.62 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 		 286 aa  161  9e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  43.28 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.91 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  47.43 
 
 		 346 aa  142  4e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.97 
 
 		 276 aa  137  1e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.77 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.93 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.04 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  41.22 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.61 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.17 
 
 		 280 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.59 
 
 		 273 aa  119  6e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 286 aa  118  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.2 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.37 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  32.33 
 
 		 526 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 298 aa  110  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.96 
 
 		 1611 aa  108  7.000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.88 
 
 		 277 aa  106  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 276 aa  106  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 290 aa  105  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.86 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 334 aa  104  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 262 aa  102  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.52 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.73 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.94 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  31.27 
 
 		 517 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  28.78 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.15 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.15 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>