More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3211 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 346 aa  654    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  68.31 
 
 		 298 aa  348  6e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  44.11 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  50.18 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.55 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  47.57 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.9 
 
 		 273 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.87 
 
 		 286 aa  162  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 275 aa  159  5e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  43.51 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 		 274 aa  153  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  48.64 
 
 		 275 aa  152  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 285 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  42.4 
 
 		 282 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 		 269 aa  142  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  47.39 
 
 		 275 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  40.73 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.51 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  43.59 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  43.13 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.12 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 267 aa  129  7.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44 
 
 		 281 aa  122  8e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 289 aa  122  9e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  39.64 
 
 		 270 aa  119  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 271 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  34.38 
 
 		 1611 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.99 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.81 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.48 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 286 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.58 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.74 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.18 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  34.85 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 297 aa  107  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.88 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.15 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 277 aa  103  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 		 290 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 276 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.52 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 268 aa  99.8  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 268 aa  99.8  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 269 aa  99.4  8e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  37.79 
 
 		 282 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 		 275 aa  99.4  8e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 271 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 271 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  34.77 
 
 		 269 aa  98.6  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.13 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 291 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 277 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 270 aa  97.4  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 284 aa  97.4  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  33.17 
 
 		 263 aa  97.1  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 289 aa  96.7  5e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 280 aa  96.3  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>