More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_1327 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  595  1e-169  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  57.72 
 
 		 275 aa  228  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  52.63 
 
 		 273 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.68 
 
 		 273 aa  220  3e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  57.41 
 
 		 274 aa  210  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  50.95 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  47.83 
 
 		 279 aa  192  4e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  48.9 
 
 		 272 aa  192  8e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.45 
 
 		 298 aa  192  9e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  48.9 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  48.9 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 285 aa  189  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  187  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  51.32 
 
 		 275 aa  187  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  47.41 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.59 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  47.81 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  48.53 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  49.27 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.45 
 
 		 281 aa  176  7e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.16 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  49.07 
 
 		 267 aa  170  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.38 
 
 		 276 aa  169  6e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  51.27 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.51 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  45.94 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  46.82 
 
 		 270 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  36.07 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.25 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 298 aa  147  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  45.42 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.89 
 
 		 279 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 277 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.69 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 277 aa  136  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 		 286 aa  136  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.96 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  29.04 
 
 		 275 aa  132  9e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.97 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.1 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.81 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 270 aa  126  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  33 
 
 		 1611 aa  123  5e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.49 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 279 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  30.48 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 286 aa  122  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 285 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  34.85 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.43 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  37.05 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.48 
 
 		 294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>