More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1693 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 285 aa  550  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  61.54 
 
 		 284 aa  290  1e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.51 
 
 		 281 aa  252  6e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.25 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  53.12 
 
 		 286 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.71 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  48.67 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  51.39 
 
 		 275 aa  199  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.18 
 
 		 273 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.21 
 
 		 286 aa  183  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  41.72 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 274 aa  176  5e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  48.21 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  45.52 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  47.54 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  44.2 
 
 		 279 aa  159  7e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  42.6 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.99 
 
 		 269 aa  149  7e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.57 
 
 		 278 aa  142  8e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.11 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  42.18 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  39.86 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  43.57 
 
 		 267 aa  135  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  44.06 
 
 		 346 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  42.2 
 
 		 271 aa  122  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  119  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  43.07 
 
 		 275 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.54 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 275 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 311 aa  112  9e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.9 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.4 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.76 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 290 aa  106  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.86 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.26 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.86 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 308 aa  99  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.77 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.04 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 278 aa  96.3  5e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.48 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  25.99 
 
 		 279 aa  95.5  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.11 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  31.07 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.04 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  30.31 
 
 		 1611 aa  94  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  26.33 
 
 		 280 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.39 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  33.45 
 
 		 835 aa  91.3  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>