More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2067 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 282 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  58.42 
 
 		 275 aa  257  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  56.16 
 
 		 273 aa  258  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.58 
 
 		 278 aa  256  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  57.09 
 
 		 274 aa  250  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  48.97 
 
 		 286 aa  224  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  50.37 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 273 aa  202  7e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  49.27 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  43.98 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  47.46 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  43.36 
 
 		 285 aa  175  8e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  43.87 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 272 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.71 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.62 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  45.22 
 
 		 270 aa  165  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.86 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.06 
 
 		 276 aa  163  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  46.62 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  46.72 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.02 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.52 
 
 		 281 aa  158  8e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  43.51 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  43.19 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  40.44 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  42.56 
 
 		 346 aa  149  6e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 287 aa  146  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  42.03 
 
 		 271 aa  145  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  39.51 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.91 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.5 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.18 
 
 		 397 aa  129  6e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  27.54 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.44 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.26 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.61 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 		 269 aa  105  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  30.15 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  32.36 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.9 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  28.94 
 
 		 261 aa  99.4  6e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  24.01 
 
 		 280 aa  99  7e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 287 aa  99  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  24.64 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.36 
 
 		 285 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 285 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 454 aa  97.1  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  25.68 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  25.62 
 
 		 279 aa  95.5  8e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 298 aa  95.5  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.73 
 
 		 283 aa  95.5  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  31.36 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  27.05 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.07 
 
 		 273 aa  94  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  25.84 
 
 		 284 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 261 aa  92.8  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  25.55 
 
 		 277 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 334 aa  92.4  7e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 286 aa  92  9e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  25.64 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  25.27 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.98 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  25.18 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  29.37 
 
 		 1611 aa  90.9  2e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 458 aa  91.3  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  28.84 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>