More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3155 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 267 aa  509  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  51.33 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  48.6 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 276 aa  205  6e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 276 aa  205  6e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  51.36 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  48.52 
 
 		 269 aa  203  3e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 285 aa  203  3e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  49.06 
 
 		 272 aa  202  5e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  48.33 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.48 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 275 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  48.69 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.61 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.87 
 
 		 295 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  44.94 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  49.22 
 
 		 275 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  48.74 
 
 		 287 aa  168  8e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  48.52 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  46.83 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  43.85 
 
 		 286 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  44.28 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.24 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  44.19 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.13 
 
 		 278 aa  158  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.75 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.69 
 
 		 276 aa  154  1e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  42.65 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  42.53 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.12 
 
 		 285 aa  129  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  43.01 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.01 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.54 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 289 aa  106  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  38.18 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.07 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.79 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  38.77 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.27 
 
 		 397 aa  101  1e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.05 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 262 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 334 aa  99.8  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 291 aa  99.4  6e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 288 aa  99  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  98.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  32.32 
 
 		 269 aa  98.2  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.57 
 
 		 279 aa  97.8  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  26.1 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  24.64 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>