More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3875 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  100 
 
 		 327 aa  649    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  58.82 
 
 		 275 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  58.94 
 
 		 275 aa  231  9e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  50.19 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.04 
 
 		 273 aa  207  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  204  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  50.37 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 285 aa  196  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  45.67 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.08 
 
 		 278 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  46.54 
 
 		 274 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 272 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  50.2 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 		 286 aa  179  8e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  48.28 
 
 		 267 aa  178  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  47.41 
 
 		 312 aa  177  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  45.72 
 
 		 275 aa  176  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  44.19 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 		 269 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.68 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 		 271 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  46.59 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  47.57 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  44.14 
 
 		 275 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.03 
 
 		 276 aa  152  5e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.92 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  39.7 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  41.61 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 273 aa  147  3e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.07 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.33 
 
 		 281 aa  145  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.73 
 
 		 280 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.3 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.07 
 
 		 279 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 262 aa  125  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.26 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.86 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 262 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 262 aa  122  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 268 aa  122  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 268 aa  122  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.32 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 286 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 		 285 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  26.88 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 284 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.24 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 262 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  30.69 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.93 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.56 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  39.8 
 
 		 285 aa  116  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.47 
 
 		 280 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.8 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  24.25 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.26 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.56 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 277 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 284 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.64 
 
 		 1611 aa  114  3e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  27.94 
 
 		 279 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.09 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.95 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 277 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>