More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2275 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  69.23 
 
 		 286 aa  378  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  48.51 
 
 		 284 aa  202  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.29 
 
 		 273 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.04 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.98 
 
 		 281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  46.77 
 
 		 275 aa  169  6e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.72 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  45.16 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.06 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.52 
 
 		 285 aa  158  8e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  45.08 
 
 		 274 aa  153  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  42.97 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  41.48 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  41.2 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  44.91 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  42.97 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  40.67 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  40.68 
 
 		 269 aa  139  6e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  42.53 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  40.15 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  43.13 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.81 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 		 271 aa  117  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01137  Quinate dehydrogenase (EC 1.1.1.24) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P25415]  31.88 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.646628  normal  0.26326 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 277 aa  106  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 289 aa  102  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  38.52 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.1 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30813  predicted protein  27.6 
 
 		 309 aa  99.8  4e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.401981 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 270 aa  99.8  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 279 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 271 aa  99  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 275 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25.81 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.48 
 
 		 273 aa  96.7  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 284 aa  96.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.44 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.72 
 
 		 280 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.69 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 277 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 286 aa  92.8  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  27.68 
 
 		 269 aa  92.8  5e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.62 
 
 		 278 aa  91.3  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_89141  predicted protein  29.45 
 
 		 1571 aa  91.3  2e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  24.24 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.26 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.84 
 
 		 397 aa  89  8e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.72 
 
 		 285 aa  89  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 274 aa  89  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 285 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  25.91 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  26.39 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  28.06 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>