More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlut_12690 on replicon NC_012803
Organism: Micrococcus luteus NCTC 2665



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 307 aa  569  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 276 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 276 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.53 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 272 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  44.1 
 
 		 275 aa  162  7e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  41.53 
 
 		 286 aa  152  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  43.73 
 
 		 285 aa  149  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.66 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 		 271 aa  140  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 274 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  40.74 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 269 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.3 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.35 
 
 		 281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  39.79 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  40.5 
 
 		 282 aa  123  5e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.97 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.04 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  40.58 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  39.5 
 
 		 327 aa  108  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  41.28 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.2 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  37.59 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 275 aa  98.2  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.64 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  24.29 
 
 		 284 aa  93.2  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  26.32 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.78 
 
 		 397 aa  88.6  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.14 
 
 		 1611 aa  85.9  8e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  25.96 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 276 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  24.73 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.17 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  21.25 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  38.79 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 280 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  31.38 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.05 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25.26 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  23.16 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  25.52 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  25.62 
 
 		 277 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  27.08 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.14 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  26.2 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  28.62 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  26.43 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  23.6 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  22.55 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  22.83 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  27.05 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.31 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  27.49 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  25.8 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  28.67 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  25.8 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  26.39 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  28.77 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  26.01 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1617  shikimate 5-dehydrogenase  39.26 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.751418  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>