More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_0293 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 288 aa  584  1e-166  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.63 
 
 		 289 aa  238  8e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  40.39 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 289 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  38.22 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 296 aa  148  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 282 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 282 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  36.3 
 
 		 284 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 284 aa  129  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.09 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 280 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.62 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.68 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 		 276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  27.41 
 
 		 271 aa  109  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.23 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  30.59 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  31.56 
 
 		 265 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 282 aa  105  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 272 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  25.1 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 282 aa  102  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.91 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 270 aa  102  9e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  25.46 
 
 		 268 aa  102  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  25.46 
 
 		 268 aa  102  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 272 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  30.62 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  32.33 
 
 		 270 aa  99.8  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 271 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>