229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0429 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 323 aa  663    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.17 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  39.79 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 273 aa  150  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.07 
 
 		 281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.83 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.72 
 
 		 285 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.18 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  34.42 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.87 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 272 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.15 
 
 		 273 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.59 
 
 		 276 aa  119  9e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  39.51 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 274 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  34.8 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  34.62 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  34.45 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 271 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  64.06 
 
 		 270 aa  85.9  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  27.99 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.83 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.72 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  27.52 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.3 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  27.97 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.14 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  26.57 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  26.85 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25.5 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  26.2 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  28.87 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  24.25 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.18 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  26.94 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  26.92 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.37 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  25.52 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.52 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_89141  predicted protein  28.57 
 
 		 1571 aa  67  0.0000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  26.43 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  24.54 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.01 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  28.1 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  25.8 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.91 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  26.99 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  25.65 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  25.49 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.61 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 269 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  25.26 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30813  predicted protein  25.16 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.401981 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  27.66 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  25.7 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  26.52 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  27.99 
 
 		 1611 aa  59.7  0.00000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  25.72 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  26.95 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.45 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  24.01 
 
 		 247 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  28.23 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  28.23 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  27.02 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  26.24 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  25.08 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  29.69 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  26.6 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  25.67 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  26.24 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>