More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1831 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  526  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  88 
 
 		 275 aa  384  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  58.56 
 
 		 327 aa  247  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  54.01 
 
 		 279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 285 aa  221  9e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 269 aa  219  5e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  51.84 
 
 		 276 aa  216  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  51.84 
 
 		 276 aa  216  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  51.67 
 
 		 275 aa  209  3e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  50.77 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.91 
 
 		 273 aa  196  3e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  52.55 
 
 		 275 aa  195  7e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  46.88 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  50.2 
 
 		 275 aa  190  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  50.9 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 267 aa  188  8e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.26 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.85 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  41.45 
 
 		 286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  46.77 
 
 		 282 aa  162  7e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.66 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.53 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  43.02 
 
 		 270 aa  152  8e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  47.92 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.18 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 300 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.15 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  40.08 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  34.86 
 
 		 323 aa  125  5e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.28 
 
 		 285 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  40.84 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  33.69 
 
 		 1611 aa  119  7.999999999999999e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 		 307 aa  115  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  31.35 
 
 		 526 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  28.2 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 268 aa  112  8.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 268 aa  112  8.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.35 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.41 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  30.66 
 
 		 517 aa  109  5e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 284 aa  108  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  36.52 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 298 aa  105  8e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 276 aa  105  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.52 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 289 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 262 aa  102  5e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 262 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.28 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.09 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.3 
 
 		 288 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.3 
 
 		 288 aa  99  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.3 
 
 		 288 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.3 
 
 		 288 aa  99  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>