More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2525 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 256 aa  517  1e-146  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.83 
 
 		 271 aa  176  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  40.3 
 
 		 436 aa  173  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.7 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  39 
 
 		 246 aa  148  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 284 aa  146  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.87 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  138  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.52 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.92 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.92 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.59 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.18 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 296 aa  129  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.75 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 279 aa  125  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.37 
 
 		 279 aa  125  6e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 280 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.1 
 
 		 244 aa  125  9e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 273 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  31.64 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.25 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  119  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 269 aa  118  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  29.09 
 
 		 315 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 283 aa  118  7.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 		 289 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.67 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 249 aa  113  2.0000000000000002e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  29.74 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.23 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 279 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  31.92 
 
 		 274 aa  111  9e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.11 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 275 aa  108  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.65 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.87 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.72 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 285 aa  106  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.5 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  34.14 
 
 		 493 aa  105  5e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 296 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>