More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0978 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 249 aa  520  1e-146  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48 
 
 		 244 aa  236  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48 
 
 		 244 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  45.82 
 
 		 246 aa  228  1e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.15 
 
 		 247 aa  214  7e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  41.46 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.27 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.28 
 
 		 247 aa  206  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 280 aa  162  7e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 279 aa  156  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.91 
 
 		 271 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 284 aa  144  9e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 277 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 288 aa  135  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.91 
 
 		 279 aa  134  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 288 aa  132  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 271 aa  131  9e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 277 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 277 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 277 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 308 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 275 aa  128  9.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 298 aa  126  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 269 aa  125  5e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 273 aa  123  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 301 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 276 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.04 
 
 		 256 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  116  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 271 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.07 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.04 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 284 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  36.63 
 
 		 436 aa  107  2e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.78 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.42 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  35.55 
 
 		 473 aa  105  6e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.48 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>