More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1201 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 261 aa  531  1e-150  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.57 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0574  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.57 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000629115  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 279 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  27.03 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 284 aa  125  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.04 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 285 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 279 aa  119  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  25.1 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  26.89 
 
 		 277 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 269 aa  118  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 285 aa  118  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.9 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  28.4 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.06 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  28.19 
 
 		 286 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 290 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.6 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  28.57 
 
 		 270 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 279 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 278 aa  105  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 271 aa  105  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 249 aa  105  6e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 275 aa  105  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  27.48 
 
 		 276 aa  105  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  26.04 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 279 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 298 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  28.08 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.87 
 
 		 269 aa  103  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  27.99 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.98 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  27.48 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  28.02 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00031  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0702833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  26.37 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  27.8 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  29.13 
 
 		 274 aa  99.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 		 290 aa  99.4  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 287 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 301 aa  99  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 273 aa  98.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 291 aa  98.6  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 273 aa  98.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 276 aa  98.6  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 273 aa  98.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  29.92 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1764  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 286 aa  97.1  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  29.37 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.27 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.31 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>