More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0705 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 247 aa  510  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.06 
 
 		 257 aa  290  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  54.03 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.81 
 
 		 244 aa  256  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.4 
 
 		 244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.15 
 
 		 249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  41.87 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.03 
 
 		 247 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  45.28 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.02 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 277 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 284 aa  137  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 289 aa  135  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.59 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 277 aa  129  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 297 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 280 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 298 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 279 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 280 aa  124  9e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 271 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 271 aa  122  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.56 
 
 		 273 aa  118  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  28.89 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 286 aa  115  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.13 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.13 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 301 aa  109  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.63 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.68 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.15 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.56 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 300 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.72 
 
 		 298 aa  105  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 322 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 287 aa  99.4  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 311 aa  99  6e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 275 aa  99  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 286 aa  99  6e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 294 aa  98.6  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.32 
 
 		 283 aa  98.6  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 286 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 283 aa  97.8  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  30.08 
 
 		 265 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 289 aa  96.7  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 285 aa  96.7  3e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 288 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 289 aa  96.3  4e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  32.14 
 
 		 613 aa  96.3  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 276 aa  96.3  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  31.03 
 
 		 295 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 292 aa  95.9  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 457 aa  95.9  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  28.25 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  31.75 
 
 		 436 aa  93.6  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 284 aa  92.8  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  30 
 
 		 473 aa  92.8  5e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 289 aa  92.4  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  30.12 
 
 		 270 aa  92.4  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 301 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 293 aa  92  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 290 aa  92  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>