More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1640 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  100 
 
 		 493 aa  1009    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 284 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 278 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  26.31 
 
 		 517 aa  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 294 aa  144  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 279 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  28.1 
 
 		 526 aa  140  4.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 277 aa  139  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  27.4 
 
 		 613 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 286 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 277 aa  136  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 298 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 301 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.06 
 
 		 279 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 286 aa  131  3e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 280 aa  131  3e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  29.07 
 
 		 473 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 273 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.09 
 
 		 288 aa  130  7.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 277 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 277 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 277 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_002620  TC0649  bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase protein  27.75 
 
 		 478 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 288 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 288 aa  128  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 289 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  126  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 308 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.14 
 
 		 256 aa  126  9e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 273 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 279 aa  124  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 288 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 288 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 311 aa  123  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 276 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 275 aa  121  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 290 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 315 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 300 aa  118  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 290 aa  118  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 280 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 457 aa  117  5e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.2 
 
 		 269 aa  117  5e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  29.3 
 
 		 295 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 289 aa  115  3e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 269 aa  114  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 244 aa  114  4.0000000000000004e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 270 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 298 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 297 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 458 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 285 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 286 aa  113  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  29.48 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 278 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  32.11 
 
 		 262 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  31.48 
 
 		 295 aa  112  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  112  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 289 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.33 
 
 		 249 aa  111  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 279 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.74 
 
 		 271 aa  110  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 284 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 289 aa  109  1e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 271 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.26 
 
 		 289 aa  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 285 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 293 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 286 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.94 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  29.04 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 287 aa  107  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.17 
 
 		 271 aa  107  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.05 
 
 		 244 aa  107  6e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 263 aa  107  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 271 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 296 aa  105  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 286 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>