More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TC0649 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0649  bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase protein  100 
 
 		 478 aa  979    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 273 aa  121  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 284 aa  114  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  26.04 
 
 		 613 aa  113  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 292 aa  110  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  25.77 
 
 		 517 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  27.66 
 
 		 473 aa  107  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 289 aa  106  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 		 315 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 286 aa  104  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.35 
 
 		 277 aa  104  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  29.41 
 
 		 279 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 286 aa  102  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  26.24 
 
 		 278 aa  102  2e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 284 aa  101  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.04 
 
 		 298 aa  100  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 305 aa  100  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 280 aa  99.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  27.75 
 
 		 493 aa  99  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 271 aa  98.6  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  29.62 
 
 		 280 aa  98.2  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 268 aa  97.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 277 aa  97.4  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 268 aa  97.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 277 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.54 
 
 		 280 aa  97.1  7e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  25.28 
 
 		 292 aa  96.7  9e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  27.42 
 
 		 291 aa  96.7  9e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 277 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  25.81 
 
 		 283 aa  96.3  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 290 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 288 aa  95.5  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 277 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  94.7  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 308 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 301 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  30.33 
 
 		 835 aa  94.7  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  94.4  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 		 276 aa  94.4  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 277 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 277 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 295 aa  94  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  25.5 
 
 		 271 aa  93.6  8e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  27.34 
 
 		 289 aa  93.2  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.63 
 
 		 274 aa  92.8  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.92 
 
 		 279 aa  93.2  1e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 282 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 275 aa  93.2  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 298 aa  92  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 288 aa  90.9  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 270 aa  90.9  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 269 aa  90.9  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  30.27 
 
 		 297 aa  90.9  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.35 
 
 		 279 aa  90.5  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 279 aa  90.9  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.07 
 
 		 288 aa  90.5  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  28.2 
 
 		 290 aa  90.5  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 285 aa  90.5  7e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  25.4 
 
 		 1611 aa  90.1  8e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 291 aa  89  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  26.42 
 
 		 280 aa  87.8  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  26.17 
 
 		 276 aa  87.8  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  25.64 
 
 		 292 aa  87.4  5e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  25.75 
 
 		 273 aa  87.4  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  27.35 
 
 		 289 aa  87  7e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  86.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 282 aa  86.7  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  86.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 297 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 292 aa  86.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  26.85 
 
 		 272 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  26.85 
 
 		 272 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 		 286 aa  86.3  0.000000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  25.49 
 
 		 270 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  27.84 
 
 		 272 aa  85.5  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  27.35 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  28.45 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  26.17 
 
 		 272 aa  84.3  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  27.52 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  26.61 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  27.73 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  27.87 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  29.88 
 
 		 269 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  26.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  25.82 
 
 		 274 aa  82.8  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>