More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_7085 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  88.36 
 
 		 276 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  66.67 
 
 		 277 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68.84 
 
 		 277 aa  363  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.23 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  64.49 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  66.55 
 
 		 277 aa  351  7e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  66.06 
 
 		 278 aa  349  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.82 
 
 		 277 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  64.49 
 
 		 277 aa  342  5e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.82 
 
 		 277 aa  335  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.82 
 
 		 277 aa  335  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.23 
 
 		 277 aa  335  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.51 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  41.15 
 
 		 268 aa  188  7e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.22 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.47 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 271 aa  182  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.82 
 
 		 269 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  43.46 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  40.31 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.02 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  41.2 
 
 		 265 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.47 
 
 		 269 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  36.47 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  37.69 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.22 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.53 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.46 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.61 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.46 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.5 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.61 
 
 		 272 aa  159  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  39.48 
 
 		 325 aa  158  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.15 
 
 		 268 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  40.82 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.69 
 
 		 269 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.31 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.23 
 
 		 278 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  36.43 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.53 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  35.97 
 
 		 288 aa  152  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  36.05 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.27 
 
 		 276 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  34.67 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.32 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.04 
 
 		 269 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.39 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.63 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.24 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  30.55 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 292 aa  99.4  5e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  25.18 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.3 
 
 		 285 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 286 aa  95.9  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  35.71 
 
 		 284 aa  95.5  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 282 aa  95.5  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 282 aa  95.5  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  27.71 
 
 		 277 aa  95.5  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.69 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.49 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  27 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  23.94 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.49 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 286 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  28.3 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  26.94 
 
 		 269 aa  93.2  4e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.1 
 
 		 277 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  38.03 
 
 		 293 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 273 aa  91.3  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  23.94 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  26.72 
 
 		 288 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 284 aa  90.1  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  27.1 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  26.72 
 
 		 288 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  26.72 
 
 		 288 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.25 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  26.72 
 
 		 288 aa  89.4  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  26.72 
 
 		 288 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>