More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3117 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 269 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  97.03 
 
 		 269 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  93.68 
 
 		 269 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  76.58 
 
 		 269 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  65.8 
 
 		 290 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  56.06 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  43.51 
 
 		 288 aa  205  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.78 
 
 		 277 aa  178  7e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.47 
 
 		 276 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  39.23 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.08 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.8 
 
 		 273 aa  155  6e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.9 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.91 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.12 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.12 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.53 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.95 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  37.26 
 
 		 269 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.98 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  36.5 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  38.4 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  40.7 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  38.87 
 
 		 268 aa  138  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.73 
 
 		 264 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  37.26 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.59 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.26 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  37.65 
 
 		 265 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  34.6 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  36.88 
 
 		 272 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.6 
 
 		 280 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.88 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.5 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.85 
 
 		 270 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.11 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.5 
 
 		 278 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.6 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.5 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.61 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.95 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.48 
 
 		 276 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.11 
 
 		 269 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 279 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.86 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  33.96 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.35 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.14 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 308 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 277 aa  105  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.09 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 322 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 273 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 273 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  32.36 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  29.66 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  32.36 
 
 		 272 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 283 aa  99.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  32.72 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  32.72 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 272 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 286 aa  99.4  5e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 278 aa  98.6  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.37 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>