More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6097 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 280 aa  555  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  81.36 
 
 		 282 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  60.69 
 
 		 265 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  55.89 
 
 		 264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  51.15 
 
 		 268 aa  239  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  49.62 
 
 		 268 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.23 
 
 		 273 aa  206  5e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39 
 
 		 276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.02 
 
 		 291 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.22 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.55 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  39.38 
 
 		 268 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  40.82 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.47 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.6 
 
 		 269 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.15 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 271 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.15 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39 
 
 		 277 aa  161  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.52 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.22 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.22 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.94 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 277 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  35.88 
 
 		 269 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  36.68 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  36.68 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38 
 
 		 269 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.49 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.84 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  37.6 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.59 
 
 		 279 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.45 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.3 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.02 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.92 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.71 
 
 		 273 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.44 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  35.52 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.91 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.8 
 
 		 269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  35.96 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.16 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.84 
 
 		 267 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  37.15 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.47 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.44 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.95 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.22 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.53 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  32.92 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  25.95 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  26.82 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  32.66 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 276 aa  102  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.67 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.49 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 288 aa  99.8  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.08 
 
 		 288 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.54 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 288 aa  98.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 288 aa  98.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 		 273 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.67 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  31.76 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.67 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.67 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.67 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.67 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.44 
 
 		 273 aa  97.4  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>