More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0879 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 281 aa  557  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 290 aa  296  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.58 
 
 		 269 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  56.44 
 
 		 269 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  55.68 
 
 		 269 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  56.06 
 
 		 269 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  42.38 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  42.42 
 
 		 268 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.67 
 
 		 276 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.23 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.85 
 
 		 276 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  39.77 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  38.49 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  39.39 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.35 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.2 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.23 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  39.46 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  40.32 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.41 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  39.08 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.34 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.16 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.22 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.22 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 		 264 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  33.97 
 
 		 277 aa  129  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.46 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  36.98 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.15 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  32.82 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.28 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.85 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.88 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.25 
 
 		 270 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 293 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.75 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  33.97 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.61 
 
 		 269 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.55 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.1 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.46 
 
 		 277 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.08 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 		 269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 		 290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 273 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.18 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.52 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.36 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 282 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.27 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.74 
 
 		 311 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.26 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.92 
 
 		 271 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  29.34 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.02 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  34.93 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 		 284 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.46 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>