More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2703 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 268 aa  533  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  65.37 
 
 		 268 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  58.3 
 
 		 264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  55.25 
 
 		 265 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.21 
 
 		 273 aa  248  8e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.81 
 
 		 282 aa  239  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  51.15 
 
 		 280 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.09 
 
 		 276 aa  185  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.15 
 
 		 276 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.98 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.52 
 
 		 269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  40.57 
 
 		 288 aa  168  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  42.13 
 
 		 269 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.08 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  42.17 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.7 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.52 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.7 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  39 
 
 		 268 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.76 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  38.61 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.09 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  38.22 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.4 
 
 		 278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.6 
 
 		 277 aa  151  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.6 
 
 		 277 aa  151  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.49 
 
 		 264 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.43 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.53 
 
 		 277 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  42.28 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  37.16 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.78 
 
 		 297 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  41.87 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.32 
 
 		 291 aa  142  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  37.16 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.08 
 
 		 278 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.86 
 
 		 307 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.82 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.46 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  36.02 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.93 
 
 		 271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.93 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 		 281 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  35.45 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.74 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.82 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.21 
 
 		 267 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.45 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.83 
 
 		 285 aa  93.2  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 308 aa  92.4  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 277 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.1 
 
 		 269 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  26.49 
 
 		 286 aa  90.5  2e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.92 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  29.05 
 
 		 278 aa  90.1  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 322 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.71 
 
 		 286 aa  89.4  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.12 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 		 282 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  31.98 
 
 		 281 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 		 277 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 288 aa  86.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  25.94 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  25.94 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  32.66 
 
 		 273 aa  85.9  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 		 290 aa  85.5  8e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.35 
 
 		 292 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  33.65 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 272 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  25.93 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  28.08 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  29.36 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  25.09 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.63 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>