More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1847 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 325 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  64.9 
 
 		 303 aa  350  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.15 
 
 		 307 aa  308  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  53.12 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.08 
 
 		 271 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.23 
 
 		 276 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.23 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.43 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  39.85 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.85 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.35 
 
 		 278 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.58 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.24 
 
 		 277 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  39.27 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.35 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.1 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.77 
 
 		 277 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.77 
 
 		 277 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.42 
 
 		 270 aa  155  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.26 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.52 
 
 		 278 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  37.6 
 
 		 264 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.81 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.33 
 
 		 271 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.19 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.24 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  37.97 
 
 		 268 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.96 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.45 
 
 		 269 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.82 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.46 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.21 
 
 		 269 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 268 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.76 
 
 		 272 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  34.72 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.98 
 
 		 276 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  33.82 
 
 		 269 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.37 
 
 		 272 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  34.34 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.96 
 
 		 264 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.38 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.09 
 
 		 269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.07 
 
 		 267 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.95 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  31.89 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 276 aa  106  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  35.09 
 
 		 269 aa  106  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  34.47 
 
 		 270 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.04 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.72 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 277 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 288 aa  96.7  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 291 aa  95.9  9e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 286 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 278 aa  93.2  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  32.68 
 
 		 613 aa  93.6  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 288 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.03 
 
 		 269 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 284 aa  92.8  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 274 aa  92  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 273 aa  91.3  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  29.79 
 
 		 271 aa  90.9  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.69 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 278 aa  89.7  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  29.21 
 
 		 280 aa  89.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 293 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.37 
 
 		 269 aa  89  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 281 aa  86.7  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 273 aa  86.7  6e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 284 aa  86.3  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.92 
 
 		 280 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>