More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5792 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 278 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  84.17 
 
 		 278 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.85 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.23 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.62 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.15 
 
 		 277 aa  175  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  39.48 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.46 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  41.76 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  41.54 
 
 		 269 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.34 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.13 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.69 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.5 
 
 		 277 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  40.08 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.23 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.23 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  39.23 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  39.69 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  42 
 
 		 272 aa  152  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.23 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.38 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.29 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.5 
 
 		 269 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  41.37 
 
 		 264 aa  148  8e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  41.6 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.46 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.45 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.71 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  35.11 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.08 
 
 		 268 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  44.14 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.35 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.7 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.69 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.5 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  34.41 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.07 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  35.94 
 
 		 265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.17 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.86 
 
 		 269 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  125  9e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 277 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  38.28 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 279 aa  116  3e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.82 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.44 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.27 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.86 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.83 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 269 aa  106  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.33 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.89 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.09 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.24 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 284 aa  102  9e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.33 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.89 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.99 
 
 		 298 aa  99  7e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 293 aa  99.4  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.62 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 283 aa  99  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  31.47 
 
 		 280 aa  98.6  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  27.06 
 
 		 273 aa  98.2  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>