More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_20210 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  582  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  68.03 
 
 		 269 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  67.66 
 
 		 269 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  65.43 
 
 		 269 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  65.8 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  55.81 
 
 		 281 aa  268  8e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  40.98 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.86 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.47 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  40.45 
 
 		 272 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.98 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  40.07 
 
 		 272 aa  159  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.08 
 
 		 268 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  41.37 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.97 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.97 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.12 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  38.02 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.94 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.62 
 
 		 273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.6 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.97 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.17 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  34.46 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.34 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.4 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  38.4 
 
 		 265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.63 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.89 
 
 		 280 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.25 
 
 		 261 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.47 
 
 		 264 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.65 
 
 		 282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  34.6 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.5 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.98 
 
 		 270 aa  132  6e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  35.36 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.09 
 
 		 278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.12 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.83 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.58 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.46 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.73 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  33.96 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.65 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.57 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.73 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.52 
 
 		 285 aa  109  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.38 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.32 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.51 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  34.48 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.63 
 
 		 267 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  26.34 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 277 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  24.81 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 268 aa  97.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 268 aa  97.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 277 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  95.9  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.06 
 
 		 277 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.77 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  33.95 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  26.51 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.05 
 
 		 284 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  31.17 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 		 284 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.4 
 
 		 269 aa  92.8  5e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.92 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  26.79 
 
 		 322 aa  92.8  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>