More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4100 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 277 aa  559  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  65.45 
 
 		 277 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  65.45 
 
 		 277 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68.48 
 
 		 277 aa  360  9e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  64.36 
 
 		 277 aa  360  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68.48 
 
 		 277 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.23 
 
 		 276 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  65.22 
 
 		 277 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.7 
 
 		 276 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  62.68 
 
 		 277 aa  343  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  62.41 
 
 		 278 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  58.33 
 
 		 277 aa  318  5e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  58.61 
 
 		 277 aa  298  5e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.38 
 
 		 291 aa  182  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.4 
 
 		 269 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  39.16 
 
 		 269 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.16 
 
 		 279 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.4 
 
 		 269 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 268 aa  172  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.64 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.46 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.96 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  40.42 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  37.69 
 
 		 269 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  38 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.98 
 
 		 268 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.62 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.46 
 
 		 272 aa  155  8e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.46 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  39.15 
 
 		 273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  35.8 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  36.05 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  36.82 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.66 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.15 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 		 273 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.8 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.91 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.52 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.46 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.78 
 
 		 276 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.13 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.98 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  34.35 
 
 		 281 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 276 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.35 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.15 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.53 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.19 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.75 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.28 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  27.5 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.25 
 
 		 278 aa  102  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  29.74 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 		 285 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>