More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3753 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 264 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  72.41 
 
 		 269 aa  298  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.09 
 
 		 277 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  56.7 
 
 		 269 aa  254  9e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  56.37 
 
 		 268 aa  245  6.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  54.23 
 
 		 272 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  54.23 
 
 		 272 aa  241  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  52.11 
 
 		 271 aa  237  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  51.18 
 
 		 261 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  50.79 
 
 		 261 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.46 
 
 		 276 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.64 
 
 		 276 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.22 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.55 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.62 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.4 
 
 		 279 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.15 
 
 		 282 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.37 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.89 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.43 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.06 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  161  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.3 
 
 		 277 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.63 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  43.08 
 
 		 265 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.5 
 
 		 269 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.87 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  43.14 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  35.11 
 
 		 269 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  39.6 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.49 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.61 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  39.52 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.35 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.73 
 
 		 269 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.98 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  40.49 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.51 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  35.91 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.55 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 277 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.91 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  37.16 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  34.75 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.69 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.8 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  42.74 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 284 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.08 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.2 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.08 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.2 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.38 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.16 
 
 		 280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.26 
 
 		 279 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  35.41 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>