More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5700 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.43 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.96 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.32 
 
 		 276 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.25 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.3 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  40 
 
 		 272 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  36.54 
 
 		 268 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  39.6 
 
 		 272 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.8 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.96 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.72 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.35 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.35 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.21 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  39.3 
 
 		 261 aa  135  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  39.3 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  33.07 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.35 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.46 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.97 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.23 
 
 		 291 aa  127  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.84 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.08 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.84 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  38.22 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 286 aa  122  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.5 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.98 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  33.63 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.02 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.43 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  38.78 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.66 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.74 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 284 aa  115  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 322 aa  115  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.58 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.16 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.61 
 
 		 278 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  31.91 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  38.74 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.82 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.18 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.31 
 
 		 298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 273 aa  108  7.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.64 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.74 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  24.81 
 
 		 286 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  32.28 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.89 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.72 
 
 		 286 aa  105  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.7 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  23.88 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  27.91 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.32 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29 
 
 		 298 aa  104  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  36.26 
 
 		 303 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  34.7 
 
 		 325 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.61 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.15 
 
 		 271 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.42 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  34.96 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  25.75 
 
 		 294 aa  99.8  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 		 280 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 273 aa  99  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 290 aa  99  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 286 aa  99  7e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>