More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1437 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 271 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.18 
 
 		 297 aa  281  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.34 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  47.25 
 
 		 325 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  48.91 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.53 
 
 		 276 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.83 
 
 		 270 aa  175  6e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.73 
 
 		 276 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.8 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.38 
 
 		 277 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.8 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.8 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.38 
 
 		 277 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.38 
 
 		 277 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  41.54 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.53 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.43 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.08 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  41.6 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  40.4 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  41.94 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.4 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  40.66 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.8 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.64 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.44 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.71 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  39.52 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  41.6 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  38.66 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  39.11 
 
 		 261 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.4 
 
 		 278 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.19 
 
 		 277 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  38.25 
 
 		 269 aa  139  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.3 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.91 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  37.69 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.16 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  33.86 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.65 
 
 		 268 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.93 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  37.31 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  44.22 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.86 
 
 		 269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.75 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.6 
 
 		 276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.93 
 
 		 269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 277 aa  108  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.15 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  34.92 
 
 		 281 aa  99.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 276 aa  98.2  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.44 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.75 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.51 
 
 		 269 aa  96.3  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  25.1 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  22.93 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  29.69 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.2 
 
 		 294 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 272 aa  92.8  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 275 aa  92.8  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 286 aa  91.3  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  28.19 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  26.69 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 272 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  25.86 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  25.86 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  30.04 
 
 		 272 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 272 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 272 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  30.04 
 
 		 272 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 272 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 272 aa  89  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 272 aa  89  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.6 
 
 		 286 aa  89  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 		 289 aa  88.6  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  28.94 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.43 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>