More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5661 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  51.74 
 
 		 276 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  42.47 
 
 		 269 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.17 
 
 		 277 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  42.86 
 
 		 268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.93 
 
 		 277 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.93 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.14 
 
 		 264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.56 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.69 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  42.08 
 
 		 272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  41.06 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.55 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.55 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  41.31 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.46 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.36 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.07 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.43 
 
 		 268 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.43 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  40.46 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.11 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.16 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  35.57 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  40.08 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.3 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.38 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.25 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  32.73 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  34.25 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.16 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.78 
 
 		 277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  36.96 
 
 		 265 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.59 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.25 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.07 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  36.02 
 
 		 281 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.7 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.88 
 
 		 269 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.49 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  35.88 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  37.21 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.54 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.29 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  39.53 
 
 		 273 aa  122  5e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.36 
 
 		 271 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.9 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.7 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  37.35 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.89 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 277 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  39.91 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.11 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 273 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  26.89 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 289 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 286 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.41 
 
 		 267 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  36.07 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  28.33 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 		 276 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 289 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  37.7 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.93 
 
 		 268 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.93 
 
 		 268 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 285 aa  99  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 289 aa  99.4  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.92 
 
 		 288 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.55 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.55 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.55 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.61 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.55 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>