More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6410 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 277 aa  564  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  85.56 
 
 		 277 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  85.56 
 
 		 277 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  79.06 
 
 		 277 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  79.06 
 
 		 277 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  75.45 
 
 		 277 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  72.92 
 
 		 277 aa  385  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64.36 
 
 		 277 aa  374  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  67.15 
 
 		 277 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.82 
 
 		 276 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.09 
 
 		 276 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  68.48 
 
 		 278 aa  349  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  64.98 
 
 		 277 aa  335  7e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.77 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.37 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.76 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.78 
 
 		 279 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.77 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 268 aa  172  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  39.22 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  35.9 
 
 		 269 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  38.08 
 
 		 269 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.84 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.66 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.35 
 
 		 325 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.16 
 
 		 269 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.45 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.38 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.06 
 
 		 264 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.16 
 
 		 269 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  37.98 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.85 
 
 		 278 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.5 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  36.92 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  36.54 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.5 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  36.96 
 
 		 265 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  36.18 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.27 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  37.35 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.43 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.15 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.21 
 
 		 267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  35.23 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.71 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  28.85 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 276 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 292 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  106  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 283 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.67 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  26.92 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  35.81 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  27.68 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 278 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 274 aa  102  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.04 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.05 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  27.06 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.02 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  32.66 
 
 		 270 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>