More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0419 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 278 aa  565  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  76.81 
 
 		 277 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  76.09 
 
 		 277 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  65.82 
 
 		 276 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  66.06 
 
 		 276 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  68.48 
 
 		 277 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  69.57 
 
 		 277 aa  371  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  71.38 
 
 		 277 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.18 
 
 		 277 aa  360  2e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  67.39 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  67.39 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68.12 
 
 		 277 aa  350  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.96 
 
 		 277 aa  327  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.46 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.85 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.5 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.8 
 
 		 291 aa  176  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.7 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.94 
 
 		 280 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  41.35 
 
 		 325 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  40.14 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  39.08 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.61 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.36 
 
 		 279 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  39.15 
 
 		 265 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.13 
 
 		 273 aa  159  6e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 277 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.23 
 
 		 278 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.7 
 
 		 278 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.04 
 
 		 269 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  35.04 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.08 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.96 
 
 		 282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.21 
 
 		 276 aa  148  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.4 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  36.02 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  36.02 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  37.14 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.86 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  35.14 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.54 
 
 		 268 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  37.7 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  35.14 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.43 
 
 		 267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  31.44 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.39 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.06 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  35.41 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.3 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.6 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.07 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.79 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.17 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 277 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.23 
 
 		 294 aa  107  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.44 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 277 aa  105  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 290 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.47 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  33.98 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 291 aa  102  9e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.48 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  26.57 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>